311 § 2 k.p.k., dotyczący powierzania przez prokuratora śledztwa innym organom, tak, aby dotyczył on jedynie śledztwa w nowym, przedmiotowym tylko, ujęciu. Natomiast w dodanym § 4 art. 325a k.p.k. unormowano kwestię zakresu przekazywania przez prokuratora innym organom czynności własnego dochodzenia, nie zmieniając tu reguł i zakazów dotychczasowego przekazania przez niego śledztwa ze względów podmiotowych. Rozciągnięto je przy tym także na inne przypadki zarządzenia przez prokuratora dochodzenia własnego, gdyż skoro tak uczynił, to nieprawidłowe byłoby wprowadzenie możliwości przekazania takiego dochodzenia w całości lub w określonym zakresie innych organom ścigania. Przekazanie w tych sytuacjach mogłoby więc dotyczyć jedynie dokonania określonych czynności i to z wyłączeniem czynności przedstawiania i zmiany zarzutów oraz zamykania dochodzenia i innych czynności, jeżeli są one związane z wydawaniem postanowień.
Wprowadzenie dochodzenia prokuratorskiego wywołało także potrzebę modyfikacji art. 325i § 1 k.p.k. o czasie trwania i zasadach przedłużania dochodzenia. Do tej pory okres dochodzenia, zarówno ponad okres 2 miesięcy, do 3 miesięcy, jak i na dalszy czas oznaczony, przedłuża zawsze prokurator. W proponowanym § 1 art. 325i k.p.k., utrzymuje się jako zasadniczy okres prowadzenia dochodzenia - 2 miesiące, i zezwala prokuratorowi na jego przedłużenie na dotychczasowych zasadach, ale tylko wobec dochodzenia prowadzonego przez inne niż on organy ścigania. Natomiast w odniesieniu do dochodzenia własnego miałby on możliwość samodzielnego przedłużenia dochodzenia tylko do 12 miesięcy, a poza ten okres o przedłużeniu decydowałby prokurator bezpośrednio przełożony, co stwarzałoby możliwość nadzorowania wewnątrz prokuratury prawidłowości jego prowadzenia. Byłoby to rozwiązanie zbliżone do konstrukcji przedłużania śledztwa (art. 310 § 2 k.p.k.), z tym że nie zakłada się tu już uprawnień prokuratora nadrzędnego do przedłużania postępowania, gdyż chodzi o sprawy o drobniejszej niż w śledztwie natury.
Natomiast zmiana wprowadzona w art. 325e k.p.k. jest reakcją na krytykowany, tak w doktrynie, jak i w praktyce, brak nadzoru prokuratora nad dochodzeniem, gdyż obecne przepisy nie wymagają powiadamiania prokuratora o wszczęciu przez inny organ ścigania dochodzenia (art. 325e § 3 k.p.k.), a gdy kończy się ono umorzeniem z wpisaniem sprawy do rejestru, decyzja ta nie wymaga zatwierdzenia przez prokuratora, w odróżnieniu od umorzenia zwykłego (§ 2 art. 325e k.p.k.). Dla zapewnienia zatem realnych możliwości bieżącego nadzoru prokuratora nad tym dochodzeniem zdecydowano o skreśleniu § 3 art. 325a k.p.k., co oznacza pojawienie się po stronie organów nieprokuratorskich wymogu powiadamiania prokuratora o wszczęciu dochodzenia. Nie zdecydowano się natomiast, w efekcie konsultacji, na zmianę pozostałych rozwiązań zawartych w art. 325e k.p.k., na co wskazywały wcześniejsze wersje projektu tej nowelizacji. Zatem nadal postanowienie o wszczęciu dochodzenia i umorzeniu z wpisaniem sprawy do rejestru nie będą zatwierdzane przez prokuratora (§ 2 art. 325e k.p.k.), a wskazane umorzenie będzie zaskarżane na zasadach określonych nadal w niezmienionym § 4 art. 325e k.p.k.
Zmodyfikowany z kolei art. 325d k.p.k. wiąże się z założoną likwidacją postępowania uproszczonego. Przewidziane w tym przepisie upoważnienie do wydania rozporządzenia, wyposażającego w uprawnienie do prowadzenia dochodzeń innych niż Policja organów nieprokuratorskich oraz wnoszenia i popierania przez nie oskarżenia przed sądem w postępowaniu uproszczonym, uległoby zmianie, ale tylko w ten sposób, że nadal byłoby możliwe, ale oznaczałoby uprawnienie do oskarżania przez te organy w postępowaniu zwyczajnym, gdy w zgodnie z owym upoważnieniem przeprowadziły one w określonej sprawie dochodzenie.